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Nel caso in cui le prestazioni oggetto del contratto continuativo di cooperazione possano coincidere con le attività oggetto del contratto principale, così come avviene per i contratti di subappalto, ed i rapporti avvengano tra due soggetti del comparto edilizia, nella fatturazione tra le parti è applicabile il regime dell'inversione contabile di cui all'articolo 17, sesto comma, lettera a), del dpr 633/1972, indipendentemente dal nomen iuris attribuito al contratto. Lo chiarisce la Risposta n. 104/2020 dell'Agenzia delle entrate.
L'art. 17 c. 6 lett. a) del DPR 633/1972 prevede l'applicazione del reverse charge alle prestazioni di servizi diversi da quelli di cui alla lettera a-ter - che hanno ad oggetto i servizi di pulizia, demolizione, installazione di impianti e completamento relativi a edifici - ,"compresa la prestazione di manodopera, rese nel settore edile da soggetti subappaltatori nei confronti delle imprese che svolgono l'attività di costruzione o ristrutturazione di immobili ovvero nei confronti dell'appaltatore principale o di un altro subappaltatore" (cfr. circolare n. 37/E del 29 dicembre 2006 e risoluzione n. 432/E del 12 novembre 2008).
L'art. 105 c. 3 del D.Lgs. 50/2016 non configura, tuttavia, come attività affidate in subappalto "le prestazioni rese in favore dei soggetti affidatari in forza di contratti continuativi di cooperazione, servizio e/o fornitura sottoscritti in epoca anteriore alla indizione della procedura finalizzata alla aggiudicazione dell'appalto. I relativi contratti sono depositati alla stazione appaltante prima o contestualmente alla sottoscrizione del contratto di appalto".
Una Società partecipante tramite RTI ad una gara per lavori di estendimento, allacciamento e manutenzione su reti e impianti acqua, gas e fognature riteneva che il Cooperatore, per i lavori eseguiti in forza dell'eventuale aggiudicazione da parte della prima dell'appalto e in attuazione del contratto - quadro già stipulato, dovesse emettere fattura con applicazione del regime IVA ordinario, non essendo applicabile, a suo avviso, il regime di inversione contabile di cui all'articolo 17, comma 6, lettera a), del Decreto IVA, che dovrebbe riguardare solo i rapporti inquadrabili nella fattispecie del subappalto.
Tuttavia, di diverso avviso è l'Amministrazione finanziaria.
Il contratto continuativo di cooperazione è una modalità che consente all'affidatario di far eseguire a terzi le prestazioni oggetto di un contratto di appalto pubblico senza dover rispettare i limiti e le condizioni previsti dallo stesso Codice per il contratto di subappalto. Non è stata prevista, tuttavia, allo stato attuale alcuna disciplina specifica in merito ai requisiti e al funzionamento dell'istituto: gli unici requisiti richiesti sono la sottoscrizione dello stesso in epoca anteriore all'indizione della procedura di gara e il suo deposito presso la stazione appaltante prima o contestualmente alla sottoscrizione del contratto d'appalto. 
Le prestazioni oggetto del contratto continuativo di cooperazione possono però coincidere con le attività oggetto del contratto principale, così come avviene per i contratti di subappalto. Nel contratto continuativo di cooperazione è ravvisabile la volontà dell'affidatario di legare a sé in maniera stabile e continuativa un'altra impresa alla quale affidare l'esecuzione di determinati lavori relativi all'appalto principale, di volta in volta oggetto di apposito contratto. Poiché non rileva il diverso nomen iuris attributo dalle parti al contratto, bensì gli effetti da questo prodotti in base alla comune intenzione delle stesse, l 'Agenzia ritiene che il regime dell'inversione contabile di cui all'articolo 17, sesto comma, lettera a), del Decreto IVA debba trovare applicazione anche con riferimento alle prestazioni oggetto del contratto continuativo di cooperazione coincidenti anche in parte con quelle del contratto principale di appalto.