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Nel caso in cui, per errore, siano state emesse due fatture per la medesima operazione, duplicando così gli oneri di imposta, il cedente/prestatore rettificare le operazioni:

-registrando le fatture nei rispettivi periodi di imposta;

-stornando le stesse attraverso l'emissione e la registrazione di note di variazione ex art. 26 comma 2 del DPR 633/1972, trattandosi di fattispecie riconducibile a quelle "simili" ai casi di annullamento, revoca, risoluzione e rescissione" per le quali non valgono i termini annuali di cui al comma 3 del medesimo articolo.

L'articolo 26 dispone infatti che le note di credito possono essere emesse qualora l'operazione sia venuta meno in tutto o in parte , ma facoltativamente, entro un anno, per i casi che non rientrano nelle ipotesi di "dichiarazione di nullità, annullamento, revoca, risoluzione, rescissione e simili o per mancato pagamento in tutto o in parte a causa di procedure concorsuali o di procedure esecutive individuali rimaste infruttuose o a seguito di un accordo di ristrutturazione dei debiti omologato ai sensi dell'articolo 182bis del regio decreto 16 marzo 1942, n.267, ovvero di un piano attestato ai sensi dell'articolo 67, terzo comma, lettera d), del medesimo regio decreto n. 267 del 1942, pubblicato nel registro delle imprese o inconseguenza dell'applicazione di abbuoni o sconti previsti contrattualmente".

A tal proposito, l'Agenzia delle entrate, nella Risposta n. 447/2023 riprende quanto evidenziato dalla Risposta n. 395 pubblicata il 7 ottobre 2019 che, con riguardo alla duplicazione di fatture, ha precisato che "l'errore di duplicazione delle fatture elettroniche emesse può ricondursi alle figure "simili" alle cause di "nullità, annullamento, revoca, risoluzione, rescissione".

Dal punto di vista procedurale, "subordinatamente alla registrazione dei duplicati, la Società ha facoltà di emettere e registrare le note di variazione per lo storno degli stessi. Tali note di variazione possono, altresì, essere cumulative per ogni codice identificativo IVA di ciascun soggetto acquirente indicando gli estremi di ciascuna fattura duplicata di cui si vuole stornare l'importo complessivo e, nel campo "causale", la dizione "storno totale delle fatture per errato invio tramite SdI".