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Tra i diversi chiarimenti forniti dall'Agenzia delle entrate, suscita ancora perplessità il trattamento riservato alle fatture in reverse charge ricevute che, a norma dell'art. 17 DPR 633/1972, devono essere integrate a cura del cessionario / committente con aliquota ed imposta e registrate sia nel registro vendite che acquisti ai fini della liquidazione periodica.
La fattura elettronica è, come noto, immodificabile, e per l'integrazione si era precisato (in relazione agli acquisti intracomunitari) come si potesse predisporre un documento informatico da allegare alla fattura e portare in conservazione unitamente alla stessa. Con l'introduzione su vasta scala della fatturazione elettronica, l'Agenzia ha previsto che, per semplificazione, potesse essere emessa una autofattura da inviare al SdI e usufruire, in caso di adesione al servizio, anche della conservazione gratuita.
Tali chiarimenti sono stati ribaditi nella circolare n. 14/E emanata il 17 giugno, la quale ha precisato che "nell’ipotesi di reverse charge interno, e comunque in tutte quelle in cui vi è una fattura elettronica veicolata tramite SdI, a fronte dell’immodificabilità della stessa, il cessionario/committente può – senza procedere alla sua materializzazione analogica e dopo aver predisposto un altro documento, da allegare al file della fattura in questione, contenente sia i dati necessari per l’integrazione sia gli estremi della fattura stessa – inviare tale documento allo SdI, come indicato nel paragrafo 6.4, così da ridurre gli oneri di consultazione e conservazione".
Non è stata quindi data esplicita conferma all'istanza di Assosoftware che con un comunicato stampa del 18/9/2018 ha ufficialmente richiesto che "…resti sempre valida la possibilità di procedere alla semplice registrazione contabile del documento integrato dandone evidenza sulle scritture contabili (Registri IVA e Libro Giornale), portando in conservazione il solo documento di acquisto originario non integrato".  
L’emissione di un documento da allegare alla fattura ricevuta o inviare (sotto forma di "autofattura", seppur con codifica TD01) al Sistema di Interscambio, infatti, se "riduce gli oneri di consultazione e conservazione" comporta un appesantimento del flusso di lavoro e rappresenta una forzatura, in quanto la norma prevede l’integrazione del documento e non l’emissione di una autofattura, con ciò che ne consegue anche in termini di (corretto) adempimento dichiarativo. L’integrazione documentale ovvero la sua annotazione nei registri con applicazione dell’imposta, conduce al medesimo risultato senza aggravi formali. Sono quindi auspicabili chiarimenti. In assenza, le procedure contabili dovranno quindi essere adattate per creare il documento informatico in sede di registrazione della fattura in reverse charge, documento che dovrà essere conservato unitamente alla fattura d'origine, o, alternativamente, trasmesso al SdI come autofattura.